Старшеклассник Кей Кусанаги во время ночных размышлений у озера становится свидетелем возникновения большой водяной воронки и телепортации на берег высокой женщины-инопланетянки в необычном чёрном костюме. На следующий день в классе, в котором учится Кей, ученики обсуждают неожиданное появление посреди учебного года новой учительницы — Мидзухо Кадзами, которая к тому же становится их классным руководителем. По возвращении домой Кея ожидает интересное совпадение — новая учительница поселилась в соседнем доме.