Документальный сериал посвящен различным аспектам популярной теории палеоконтакта, или теории древних космонавтов. Согласно этой идее, наша планета в прошлом посещалась разумными существами внеземного происхождения, и свидетельства этих визитов можно найти в некоторых древних памятниках земной культуры. Авторы программы «Загадки истории» высказывают предположение, что в исторических текстах, археологических памятниках и легендах народов мира заложены доказательства контактов человека с внеземными цивилизациями в прошлом.